一、營業稅改征增值稅所造成的地方可用財力減少的問題首先需要解決的一個問題是地方可用財力減少的問題。營業稅改增值稅是1994年分稅制改革的歷史遺留問題。在目前的分稅制體制下，營業稅是地方第一大稅種，營業稅改征增值稅后，中央分享75%，地方分享25%，營業稅又是地方政府收入，即便稅收收入不變，地方政府收入也會減少75%�；�于現實，中央決定試點期間原歸屬試點地區的營業稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區，暫時擱置了在收入分配上的爭議，而優先考慮了增值稅制度變革目標，但這并不是長遠之計，當試點推向全國，或是要進行增值稅立法時，這一分享比例就不得不塵埃落定了，這是增值稅擴圍將要面臨的最大問題。而此時地方將缺乏能提供穩定收入的主體稅種，雖然從理論上，房產稅能擔當地方主體稅種的角色，但我國房產稅尚處于試點階段，短期內難以在全國范圍內普遍推廣，而呼聲很高的資源稅也不足以在全國范圍內擔任地方稅種的龍頭。或者按照現行試點的方案，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區，那么理論上也存在地方財力小幅缺口彌補問題，是開征新的地方稅源，還是加大中央的財政轉移力度，還需要進一步討論。

二、擴大增值稅征收范圍所要差別規范的各類優惠政策現行營業稅分交通運輸業、建筑業、金融保險業、郵電通信業、文化體育業、娛樂業、服務業、轉讓無形資產和銷售不動產九個稅目。那么，如果這些項目全面納入增值稅征收范圍后，是統一按現行的標準稅率17%征稅，還是另設一檔稅率?如果另設一檔稅率，稅率水平多高合適?從理論上說，增值稅是中性稅，它不會因生產、經營的內容不同而稅負不同，要求的稅率檔次相對要少。而營業稅是行業差別稅率，體現著政府對特定行業的扶持和引導。若要將增值稅的征稅范圍覆蓋至營業稅領域，則必然面臨這兩種理念的沖突。對此，如何注入產業優惠因子，在擴大征稅范圍的同時按不同稅率征收，以體現對不同行業的優惠策略。若進一步分析企業所得稅政策的特點，則發現企業所得稅的產業導向政策主要集中于優惠領域，而優惠的重點在創新和環保，比如對企業從事環境保護、節能節水、公共基礎設施項目，購買研發設備，開發新產品、新技術、新工藝等給予優惠;稅率優惠重點則在于小型微利企業及高新技術企業，這些優惠政策具有普適性，但缺乏針對特定行業的優惠、引導政策。