1.財務報告不能即時生成，必須記賬后才能生成數據反映相對滯后
2.采用中間件運行速度較慢，每進一個模塊都顯示“正在驗證信息，請稍候。。”
3.沒有嚴格的財務核算的流程，沒有提供企業一套良好的財務核算的方案，處于松散的階段，手工及半手工的操作，各個模塊關聯不強，容易引起疏忽，在對賬中加入工作量。
4.系統 應收、應付單據錄入后，可以不產生憑證，總賬中可以錄入應收、應付的憑證，導致流程及規范無法全局掌握，期末處理不能保證數據是否重復錄入。
5.通過T型賬務，手工進行現金流量的分拆，增加工作量。同時數據不夠嚴謹，可以與發生業務的數據不一致
6.提供松散的單據錄入。沒有關于資金流向進行分類，只是單據的記錄而已。
7.金蝶K3系統沒有憑證作廢功能�？膳碌氖菓{證一旦誤刪就不能恢復，刪除后憑證號間斷，不能自動重排序號。千里馬尚有偶失前蹄的時候，哪個財務會計人員能保證在繁忙的工作中不出一點失誤？！
8.無法適用服裝行業
9.存貨核算設置核算方式是數量核算方式，還是數量金額核算方式在賬套屬性中設置非�？尚Γ瑢嶋H業務中企業中存在并存的不同類型的倉庫，有數量核算和金額同時存在。此類暴露原先軟件設計不足，屬于差強人意。
10.當核算方式設置為數量核算方式時，需要設置用于控制結賬的子系統。（在數量金額核算方式下，系統默認以工業核算管理系統為結賬控制的子系統，即只能在工業核算管理系統中進行結賬，其他子系統不能結賬。混淆企業的業務管理和財務管理，明顯K/3的前身為財務軟件，在設計時沒有業務特性的考慮