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員工工資薪金所得與企業工資費用支出的差異分析
根據國稅函〔 2009 〕 259 號文的要求，稅務機關將加強個人工資薪金所得與企業的工資費用支出比對，核查有無隱匿或少報個人收入情況，企業有無虛列人員、增加工資費用支出等情況。如果比對差異較大，稅務人員會到企業進行實地核查，或者提交給稽查部門，進行稅務稽查。
個人所得稅的“工資、薪金”項目所得，指個人因任職或者受雇而取得的工資、薪金、獎金、年終加薪、勞動分紅、津貼、補貼以及與任職或者受雇有關的其他所得。具體應根據《個人所得稅法》及其配套法規的規定判斷。
企業所得稅工資薪金支出，根據《企業所得稅法實施條例》、國稅函〔 2009 〕 3 號文規定，是指企業支付給在本企業任職或者受雇的員工的所有現金形式或者非現金形式的勞動報酬，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資，以及與員工任職或者受雇有關的其他支出，但不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及社會保險費和住房公積金。
正常情況下，企業按照稅法規定申報的個人工資薪金所得，與稅前列支的工資薪金會存在一定差異。個人所得稅“工資薪金所得”的范圍會大于企業所得稅“工資薪金支出”的范圍。如果兩者差異較大，企業很可能遭到稅務機關的質疑，需要事先準備如何向稅務機關作出合理的解釋。下面就一些常見的差異進行分析。
一、 超過免稅限額的津貼、補貼等，企業所得稅作為當期費用列支
超過免稅限額的所得，應計入“工資、薪金所得”計征個人所得稅，而會計處理和企業所得稅不作為工資薪金支出。比如：
1、 公司為員工報銷辦公通訊費，超過地方稅務機關規定的限額的，要作為工資薪金所得扣繳個人所得稅。但企業所得稅仍要作為辦公費支出，不作為工資薪金。
2、 公司為員工實際繳納的住房公積金，超過了財稅 [2006]10 號文規定的免征個人所得稅標準，要作為工資薪金扣繳個人所得稅，但企業所得稅不作為工資薪金支出。
3、 超過免稅標準的差旅費津貼。
二、 應計入工資薪金所得扣繳個人所得稅，但企業所得稅屬于福利費等其他項目
根據國稅函〔 2009 〕 3 號文規定，工資薪金不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費等，但福利費項目中，部分要作為工資薪金所得扣繳個人所得稅，比如：職工交通補貼、非外籍人員用貨幣發放的住房補貼、職工供養直系親屬醫療補貼、過節費、為員工購買的商業保險等。
三、 12 月計提的工資下年發放
部分企業當年 12 月按照權責發生制計提的工資，在下年年初發放，有的地方稅務機關允許作為計提年度的工資薪金支出扣除，但根據《個人所得稅法》規定，應在實際發放時，即下一年度扣繳個人所得稅，產生時間性差異，很可能導致當年申報的企業工資薪金支出與員工的工資薪金所得差異較大。
四、 帶征個人所得稅
根據地方的規定，帶征個人所得稅的，企業所得稅實際發放的工資薪金支出，與個人所得稅工資、薪金項目不一致。例如根據粵地稅發〔 1998 〕 103 號文的規定，地方稅務機關可按工程總額帶征工程承包人（工程責任人）和其他從業人員應納的個人所得稅。
五、 員工境內兩處以上發放工資
根據《個人所得稅法》及其實施條例的規定，在中國境內兩處或者兩處以上取得“工資、薪金所得”的，應由員工合并后自行申報繳納個人所得稅。但企業所得稅要作為工資薪金支出。
