兩家公司之間的業務分兩個階段，第一階段是合作建房，形式上看是甲公司提供土地，你公司提供資金，但問題沒有說明或者合作協議中沒有寫明建成后房屋的分配形式，而且形式上你公司將所建成的房屋作為辦公用房使用，但這并不意味著你公司就可以無償使用其土地。聯系隨后的轉讓業務，則可以認定你們兩家企業之間的情況具有合作建房的性質，即一方提供土地，一方提供資金，雙方合作建房，建成后按比例分房的情況。
營業稅方面，這種情況很可能屬于（要按雙方的實際合作協議分析確定）國家稅務總局印發的《營業稅問題解答（之一）》（國稅發[1995]156號）中所說的“土地使用權和房屋所有權相互交換，雙方都取得了擁有部分房屋的所有權。”按規定，在這一合作過程中，甲方以轉讓部分土地使用權為代價，換取部分房屋的所有權，發生了轉讓土地使用權的行為；乙方則以轉讓部分房屋的所有權為代價，換取部分土地的使用權，發生了銷售不動的行為。因而合作建房的雙方都發生了營業稅的應稅行為。對甲方應按“轉讓無形資產”稅目中的“轉讓土地使用權”子目征稅；對乙方應按“銷售不動產”稅目征稅。由于雙方沒有進行貨幣結算，因此應當按照《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》的規定分別核定雙方各自的營業額。而貴公司將分得的房屋銷售出去，則又發生了銷售不動產行為，應對這部分銷售收入再按“銷售不動產”稅目征收營業稅。
土地增值稅方面，按《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅[1995]48號）規定“關于合作建房的征免稅問題：對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房自用的，暫免征收土地增值稅；建成后轉讓的，應征收土地增值”。比照此規定，貴公司在將分得的不動產進行轉讓的，按規定應該計繳土地增值稅。即使不考慮合作建房因素，僅就貴單位將自用房產進行轉讓的情況，即屬于《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》規定的應征稅行為。但因為情況較復雜，稅務機關需要核定各項數據以確定稅基。
另外，按照國家稅務總局《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發〔2009〕31號）的規定精神，㈠
企業以本企業為主體聯合其他企業、單位、個人合作或合資開發房地產項目，且該項目未成立獨立法人公司的，企業所得稅按下列規定進行處理：⑴凡開發合同或協議中約定向投資各方（即合作、合資方，下同）分配開發產品的，企業在首次分配開發產品時，如該項目已經結算計稅成本，其應分配給投資方開發產品的計稅成本與其投資額之間的差額計入當期應納稅所得額；如未結算計稅成本，則將投資方的投資額視同銷售收入進行相關的稅務處理。⑵凡開發合同或協議中約定分配項目利潤的，應按以下規定進行處理：①
企業應將該項目形成的營業利潤額并入當期應納稅所得額統一申報繳納企業所得稅，不得在稅前分配該項目的利潤。同時不能因接受投資方投資額而在成本中攤銷或在稅前扣除相關的利息支出。②投資方取得該項目的營業利潤應視同股息、紅利進行相關的稅務處理。㈡企業以換取開發產品為目的，將土地使用權投資其他企業房地產開發項目的，企業所得稅按以下規定進行處理：企業應在首次取得開發產品時，將其分解為轉讓土地使用權和購入開發產品兩項經濟業務進行所得稅處理，并按應從該項目取得的開發產品（包括首次取得的和以后應取得的）的市場公允價值計算確認土地使用權轉讓所得或損失。你們雙方可比照分析各自的所得稅處理。
樓主
