根據《國家稅務總局關于公路、內河貨物運輸業統一發票增值稅抵扣有關問題的公告》（國家稅務總局公告〔2006〕2號）規定，自2007年1月1日起，增值稅一般納稅人購進或銷售貨物，取得的作為增值稅扣稅憑證的貨運發票，必須是通過貨運發票稅控系統開具的新版貨運發票。納稅人取得的2007年1月１日以后開具的舊版貨運發票，不再作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。納稅人取得的2006年12月31日以前開具的舊版貨運發票暫繼續作為增值稅扣稅憑證，納稅人應在開具之日起90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣進項稅額。自2007年4月1日起，舊版貨運發票一律不得作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。