中瀚石林認為“營改增”后試點納稅人面臨的最大改變主要體現在發票上。《國家稅務總局關于在全國開展營業稅改征增值稅試點有關征收管理問題的公告》(國家稅務總局2013年第39號，以下簡稱稅總39號公告）對“營改增”后試點納稅人領購和開具發票作出了統一規定，試點納稅人一定不能在發票使用上犯迷糊。

    第一，公路內河運輸統一發票不能再開了。根據規定，自本地區“營改增”試點實施之日起，增值稅納稅人不得開具公路、內河貨物運輸業統一發票。因此，全國試點“營改增”后，開票日期在8月1日以后的公路、內河貨物運輸發票都屬于無效發票。納稅人一旦取得，財務人員應拒絕其用于財務報銷核算。

    第二，四類服務可以開具定額普通發票，但不能用于受票方抵扣。提供港口碼頭服務、貨運客運場站服務、裝卸搬運服務和旅客運輸服務的一般納稅人，可以選擇使用定額普通發票。這樣規定，主要是考慮到這部分業務會以“小額、零星”的方式出現，如果逐筆開具機打發票，業務開展與運行的效率會明顯降低。但是，根據增值稅的抵扣原理，一般納稅人付款方接受服務取得這部分定額發票不得用于抵扣稅款。如果需要抵扣，可以和這些開票方一般納稅人協商定期結算，集中統一開具增值稅專用發票。

    第三，試點前已開票業務沖減紅字發票還是要找原主管地稅機關。納稅人于本地區試點實施之日前提供改征增值稅的營業稅應稅服務并開具營業稅發票后，如發生服務中止、折讓、開票有誤等情形，且不符合發票作廢條件的，應于2014年3月31日前向原主管稅務機關申請開具營業稅紅字發票，不得開具紅字專用發票和紅字貨運專票。需重新開具發票的，應于2014年3月31日前向原主管稅務機關申請開具營業稅發票，不得開具增值稅專用發票或貨運專票。

    第四，增值稅專用發票最高開票限額由區縣稅務機關依法審批。

    最高開票限額，指單份專用發票或貨運專票開具的銷售額合計數不得達到的上限額度，由一般納稅人申請，區縣稅務機關依法審批。一般納稅人申請最高開票限額時，需填報《增值稅專用發票最高開票限額申請單》。主管稅務機關受理納稅人申請以后，根據需要進行實地查驗，然后再依法審批。

    第五，銷售機動車應使用稅控系統開具發票。自8月1日起，一般納稅人從事機動車（舊機動車除外）零售業務，應使用機動車銷售統一發票稅控系統開具發票。通過該系統開具的機動車銷售統一發票實際上也屬于一種增值稅專用發票，可以用于抵扣應征消費稅的汽車等的進項稅。

    第六，開具貨運專票需要使用獨立的稅控系統。自本地區“營改增”試點實施之日起，一般納稅人提供貨物運輸服務、開具貨運專票的，使用貨物運輸業增值稅專用發票稅控系統；提供貨物運輸服務之外的其他增值稅應稅服務、開具專用發票和增值稅普通發票的，使用增值稅防偽稅控系統。一般納稅人提供應稅貨物運輸服務，應使用貨運專票，并準確填寫相關信息。開具貨運專票后，如發生應稅服務中止、折讓、開票有誤以及發票抵扣聯、發票聯均無法認證等情形，且不符合發票作廢條件，需要開具紅字貨運專票的，實際受票方或承運人應向主管稅務機關填報《開具紅字貨物運輸業增值稅專用發票申請單》，經主管稅務機關核對并出具《開具紅字貨物運輸業增值稅專用發票通知單》。實際受票方應暫依《通知單》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，未抵扣增值稅進項稅額的可列入當期進項稅額，待取得承運人開具的紅字貨運專票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。