包括兩個方面：一是輔助核算種類，一是具體的核算項目。系統一般預設了往來、部門、職員等常用的核算類別，用戶可以根據需要從中選擇，也可以利用設置功能增加新的核算類別。除了往來、職員之外，其他核算項目的設置內容可能不多，一般可設置代碼和名稱，但具體項目一般較多，工作量較大。核算項目的名稱按實際需要自定。

設不設輔助核算對打印沒多大影響，因賬套本身也有明細科目，也能打印出明細賬。不過，自有了輔助核算功能后，核算型的財務軟件也就具有初步的管理型軟件的功能了。